Linux: Reemplazar un string en un archivo

sed -i.bak s/oldword/newword/ filename reemplaza en el archivo filename todas las apariciones de "oldword" con "newword" y guarda un backup del archivo en un archivo llamado filename.bak

Y la opción en Perl: http://atonal.ucdavis.edu/resources/general_howto/replace_strings_howto.htm